Es té constància de poblaments primitius, principalment de l’eneolític, l’època de bronze i ibers, assentats al terme municipal, en paratges com a  Cabeço (turó) de Mariola o de la Cova, Cabeço de Serrelles, Cova del Bolumini, Cabeço  de les Monserraes i Lloma de Carbonell. Hi ha també una necròpolis amb tombes excavades en la roca a les proximitats del mas del Pou.

El nucli originari de l'actual població, tenint en compte la seua toponímia, va ser un lloc musulmà, situat en un encreuament de rutes ramaderes i d'importància militar. El nom d'Alfafara ve probablement de la veu: “ALFAWARA” , que en àrab significa “font que brolla amb violència”, i que probablement fa referència a un salt d'aigua que, en èpoques plujoses, cau des de l'alt d'una penya denominada Penya del "Xorro".
Després de la conquesta de Biar per Jaume I, l'any 1245, aquest lloc musulmà es concedeix en senyoriu a Ximén Pérez d'Oriz (any 1248); posteriorment (1392), va ser venut a Pere d'Artés; els hereus del qual el van vendre al rei Alfons V en 1416, convertint-se així en lloc reial. L'any 1436, sota el regnat d’aquest rei, conegut com  El Magnànim, a fi d'obtenir  fons per a les campanyes militars de Sicília i Nàpols, el lloc d’Alfafara va ser venut a la vila de Bocairent, a la qual va pertànyer  fins a 1632, que el rei Felip IV li va tornar la independència, concedint-li el títol d'Universitat d'Alfafara.

Canònicament, la parròquia d'Alfafara està lligada a la de Bocairent, des de l'any 1437, per decisió de l'Arquebisbe Fra Tomás de Vilanova, ratificada després per la butla de Sant Pio V, l'any 1566. Se li va concedir la potestat de ser parròquia independent en 1782. La població va quedar incorporada a la Governació de Xàtiva en 1707 i posteriorment, a la de Montesa, fins a l'any 1833, que és incorporada a la província d'Alacant, pertanyent al partit judicial d'Alcoi.