Es té constància de poblaments primitius, principalment del eneolítico, l’època de bronze i íberos, assentats al terme municipal, en paratges com Cabeço (turó) de Mariola o de la Cova, Cabeço de Serrelles, Cova del Bolumini, Cabeço de les Monserraes i Lloma de Carbonell. Hi ha també una necròpoli amb tombes excavades en la roca a les proximitats de la masia del Pou.

El nucli originari de l’actual població, tenint en compte la seva toponímia, va anar un lloc musulmà, situat en un encreuament de rutes ramaderes i d’importància militar. El nom d’Alfafara ve probablement de la veu “ALFAWARA” , que en àrab significa “font que brolla amb violència”, i que probablement fa referència a un salt d’aigua que, en èpoques plujoses, cau des de l’alt d’una penya denominada Penya del “Xorro”.
Després de la conquesta de Biar per Jaime I, l’any 1245, aquest lloc musulmà es concedeix en senyoriu a Ximén Pérez de Oriz (any 1248); posteriorment (1392), va ser venut a Pere d’Artés; els hereus del que ho venguessin al rei Alfonso V en 1416, convertint-se així en lloc real. L’any 1436, sota el regnat d’aquest rei, conegut com El Magnànim, amb la finalitat d’obtenir fons per a les campanyes militars de Sicília i Nàpols, el lloc d’Alfafara va ser venut en la vila de Bocairent, a la qual va pertànyer fins a 1632, que el rei Felipe IV li va tornar la independència, concedint-li el títol d’Universitat d’Alfafara.

Canònicament, la parròquia d’Alfafara està lligada a la de Bocairent, des de l’any 1437, per decisió de l’Arquebisbe Fra Tomás de Vilanova, ratificada després per la butlla de Sant Pio V, l’any 1566. Se li va concedir la potestat de ser parròquia independent en 1782. La població va quedar incorporada a la Governació de Xàtiva en 1707 i posteriorment, a la de Montesa, fins a l’any 1833, que és incorporada a la província d’Alacant, pertanyent al partit judicial d’Alcoi.